İstanköy merkez, limanın, antik agoranın ve Platanus ağacının gölgesindeki kafelerin çevresinde yoğunlaşan hareketli bir bölgedir. Burada kalacak yer ararken iki ana seçenek öne çıkar: Kos Aktis Art Hotel gibi sahil şeridinde, denize sıfır konumda hizmet veren butik oteller ile Astron Hotel gibi limanın hemen üzerinde, şehrin kalbinde yer alan işletmeler. Merkezdeki otellerin büyük bölümü, restoranlara, barlara ve kiralık araç ofislerine yürüme mesafesindedir; bu da ulaşım masrafını minimuma indirir. Bütçe planlaması yaparken, sezona göre değişmekle birlikte, 3 yıldızlı bir otelde kişi başı gecelik 40-70 Euro, 5 yıldızlı bir resortta ise 100-180 Euro arasında bir bütçe öngörmek gerçekçi olur.
Aileler için Peridis Family Resort, 5 ayrı binadan oluşan yapısı ve bünyesindeki tenis kortu ile öne çıkarken; uygun fiyat arayanlar için Maritina Hotel, merkezi konumunu mütevazı bir hizmet anlayışıyla birleştirir. Alexandra Beach, bünyesindeki 2 yüzme havuzu ve plaja sıfır konumu sayesinde özellikle yaz aylarında yoğun ilgi görür. Zephyros Hotel ise mevsimlik açık yüzme havuzu ve oda kahvaltı seçeneğiyle bütçe dostu bir alternatif sunar. Rezervasyon öncesinde, otellerin büyük çoğunluğunun sunduğu ücretsiz iptal politikalarını kontrol etmenizi ve havalimanı transferi talep edecekseniz bu hizmetin ücrete dahil olup olmadığını teyit etmenizi öneririz. İstanköy Uluslararası Havalimanı merkeze yaklaşık 24-27 km uzaklıktadır ve taksi ücreti ortalama 35-45 Euro'dur. Bölgedeki otellerin neredeyse tamamı ücretsiz Wi-Fi ve hava aracılığıyla erişilebilen oda kahvaltı seçenekleri sunmaktadır.